In Italia il sistema doganale è gestito dall'Agenzia delle Dogane, un ente pubblico dotato di personalità giuridica che dipende direttamente dal Ministero dell'Economia e delle Finanze.

Ai fini doganali, il territorio nazionale si intende delimitato da una "linea doganale" che, ai sensi dell'art. 1 del d.P.R. n. 43 del 23/01/1973, era costituita dal “lido del mare ed i confini con gli altri Stati” mentre attualmente, grazie al libero scambio in Europa, è costituita dall'area commerciale unica (costituita da tutti i Paesi membri UE), nella quale tutte le merci circolano liberamente[5].

Secondo un ormai consolidato orientamento, il “lido del mare” comprende la zona di riva bagnata dalle acque fino al punto che viene coperto dalle ordinarie mareggiate, estive ed invernali, escluse quelle dei momenti di tempesta[6].

Lo stesso art. 1 del dPR 43/1973 precisa, ancora: “lungo il lido del mare, in corrispondenza delle foci dei fiumi e degli sbocchi dei canali, delle lagune e dei bacini interni di ogni specie, la linea doganale segue la linea retta congiungente i punti più foranei di apertura della costa; in corrispondenza dei porti marittimi segue il limite esterno delle opere portuali e le linee rette che congiungono le estremità delle loro aperture, in modo da includere gli specchi d'acqua dei porti medesimi.”

L'articolo 63 del decreto legislativo n. 300/1999 specifica le competenze dell'Agenzia delle Dogane e cioè quelle di svolgere i servizi relativi all'amministrazione, alla riscossione e al contenzioso dei diritti doganali e della fiscalità interna negli scambi internazionali, delle accise sulla produzione e sui consumi.

Essa ha rilevato le funzioni del Dipartimento delle dogane del Ministero delle Finanze incluse quelle esercitate in base ai trattati dell'Unione europea o ad altri atti e convenzioni internazionali.

Il ministro delle finanze con decreto n. 1390 del 28/12/2000 ha reso esecutiva dal 1º gennaio 2001 l'Agenzia delle Dogane.

La dogana italiana effettua anche i controlli sul rispetto delle norme di sicurezzamarchio CE, contraffazione e in generale sul rispetto di tutte le norme relative alle merci importate.